距今大約5000年前，黑暗籠罩著大地，魔神帶給人們無盡的恐慌。直到一名巨人從天而降，驅散了黑暗，消失在群山之中……
山下的部落里，流傳著關于巨人的傳說。伊莎蕾女巫預感到了黑暗復蘇，她將視線投向了部落的一名小孩阿姆伊。
在部落的另一邊，驅魔者瑪荷羅巴奮力擊殺了一頭巨獸，取得了神兵暗雉劍與一件青銅神光棒……
五千年后，超級GUTS隊實習隊員袁翼，操縱著新型戰機，遭遇了一頭恐怖的怪獸。
在周旋之際，天空中突然出現一個漩渦，將袁翼駕駛的戰機與怪獸吸入。
站在山巔眺望群山的阿姆伊，發現了斷崖上的戰機，以及墜落溪澗昏迷不醒的小翼。
他將小翼帶回了部落。
遙遠的北方，驅魔者瑪荷羅巴手里的青銅神光棒，似乎有了反應。指引著瑪荷羅巴，向部落所在方向走去。
故事線開始收束！
小翼醒來，發現自己穿越到了遠古時期。
還沒等他弄清楚現狀，幽暗之地的德古拉便命令手下，率領那頭隨小翼一同穿越的巨獸，向村莊發起襲擊。
村民們做足了準備。
陷阱、投石機與弓箭，只要是用得上的攻擊手段，全都用上了。
但這些全都沒用……
怪獸無視了攻擊，輕松破壞了部落戰士們修筑的防御工事。
危急時刻，瑪荷羅巴趕到，救下了小翼阿姆伊等人。但瑪荷羅巴仍不是怪獸的對手，被打飛時，青銅神光棒掉落被小翼撿到。
“那只怪獸是我引來的！”
“如果真的可以……”
當小翼變身的那一刻，整個影院都轟動了。
沒人能想到，大古的兒子小翼，竟然也能變身為迪迦奧特曼。父子倆變身同一個奧特曼，這還是第一次。
觀眾本以為，阿姆伊才是主角。結果，小翼卻變身了……
正當他們以為，能變身的小翼才是主角，阿姆伊不過是一個配角時，無敵的小翼拉垮了。
“這個迪迦好遜啊……”
“是啊！才出場就紅燈了！”
孩子們很奇怪，為什么迪迦弱成這樣？明明在電影開場中，一腳踹翻了黑暗魔神，但小翼變身卻如此孱弱。
難道是小翼的問題？
隨著劇情漸漸發展，聰明一點的孩子已經意識到，那個佩有“迪迦水晶”的阿姆伊，極有可能才是真正的迪迦傳承人。
小翼屬于一個意外。
隨后的故事，證實了猜測。
小翼艱難甩飛怪獸后，奄奄一息被救回。隨后黑暗魔神來襲，小翼已無力再戰，被打得神志不清連神光棒也丟了。
幸好阿姆伊撿了回來。
拿到神光棒的阿姆伊，似乎覺醒了什么，果斷變身為迪迦。
“發生了什么？”
觀眾驚奇地發現，由小翼變身的迪迦，個子還沒魔神高。但阿姆伊變身的迪迦，身高卻能和魔神持平。
果然，這才是完全體！
女巫的預言應驗了，當代光之繼承人便是部落中的阿姆伊。重新蘇醒的迪迦，與魔神再度交手。
復合、空中形態失利后，阿姆伊切換為強力形態，在瑪荷羅巴的暗雉劍幫助下，用迪拉休姆光流擊敗了魔神，再次驅散了黑暗。
故事到這里便進入尾聲了。
有阿姆伊在，遠古時期的部落便不用擔心怪獸了。小翼也重新駕駛戰機，回到了屬于他的時空。
片尾的最后一幕，阿姆伊來到斷崖處，望著小翼離去的地方發呆。
一道光從迪迦水晶中迸出，遁入天空后消失無蹤……
“那是？”
電影結束，本想站起身的觀眾們。看到結局這一束遁去的光，倍感意外。