愛麗絲作為古代種所擁有的特殊能力之一，便是能夠與生命之流相互交流，甚至融合成為其中的一份子存在。
面對薩菲羅斯對生命之流造成的嚴重污染，愛麗絲深知，如果不采取果斷行動，后果將會不堪設想。
于是，愛麗絲毅然決然地投身融入到生命之流之中，用自己純凈的心靈去凈化那些被薩菲羅斯玷污的部分。
從此，愛麗絲將永遠守護著這片土地，以無盡的愛與勇氣抵御著薩菲羅斯黑暗意志的侵蝕。
與此同時，在這風起云涌的局勢下，肖則表現得頗為淡定從容，這段時間他也一直在旁冷眼旁觀這場激烈爭斗，
只因他的好兄弟路法斯·神羅早已對自己的父親心懷不滿，巴不得他早日命喪黃泉，以便自己順理成章地登上神羅公司總裁的寶座。
盡管由于薩菲羅斯的污染，致使神羅公司無法再像以往那樣通過抽取生命之流來轉化為魔晄發電，但肖在此刻展現出了他未雨綢繆的一面。
他早就研發出了次時代的發電機技術，無論是利用大自然的水力、風力和太陽能，還是借助人類自身的力量——人力手搖發電，都有著詳盡的解決方案。
盡管使用其他方法所產生的效果不如直接燃燒靈魂那般迅猛和強大，但起碼能夠讓當前的狀況得以維持下去。
總體而言，神羅公司不僅并未因無法成功提取魔晄而走向破產倒閉之路，相反地，它竟然呈現出一派愈發繁榮昌盛的景象。
然而，時光匆匆流逝，僅僅過去了短短兩年時間，令人意想不到的事情發生了。
薩菲羅斯竟然利用受到污染的生命之流（即黑·生命之流），通過塑形和具象化等手段，精心創造出了卡丹裘、羅茲以及雅祖三人組合，將他們當作自己執行各種事務的代言人。
此后不久，三人中又迫不及待地闖入了神羅總部，毫不留情地奪走了數量稀少且珍貴無比的杰諾瓦軀體。
憑借著這份來之不易的軀體材料，薩菲羅斯重新為自己塑造了一具全新的身軀。
但十分遺憾的是，這一回的克勞德比過去更猛了，因為，他背后站著的是，得到了已經能夠熟練掌控生命之流力量的愛麗絲的全力支持與協助。
在兩人默契無間的配合之下，克勞德爆發出前所未有的強大實力，果斷施展出威力驚人的超究武神霸斬，再次將薩菲羅斯砍死于劍下。
伴隨著薩菲羅斯的又一次隕落身亡，他那原本就脆弱不堪的靈魂終于徹底崩碎瓦解。
緊接著，生命之流仿佛感受到了邪惡的消逝一般，開始源源不斷地釋放出具有神奇凈化能力的雨水，
這場凈化之雨迅速蔓延至整個世界，將世間所有殘留的初代杰諾瓦細胞統統清除得一干二凈，拯救了所有的星痕病毒感染者。
然而，就在人們剛剛松了一口氣，以為杰諾瓦病毒已經徹底被清除的時候，一場更為可怕的災難卻悄然降臨。
這個新出現的病毒名為虛空病毒，它乃是吞噬并融合了先前肆虐全球的杰諾瓦病毒，從而變得愈發強大且難以對付。
一切原因都因為，神羅肖也不可避免地踏上了與女術士肖相同的悲慘命運之路，被生化肖所融合。