然后王之臣復任遼東督師，兼任遼東巡撫。但他仍然和袁崇煥舉薦的趙率教不合，和督師遼東太監劉應坤也不合，無法理順遼東局勢。
朱由檢梳理天啟以來遼東封疆大吏，發現還是孫承宗督師那段時間最為穩定，沒有那么多亂七八糟的事情需要朝廷操心。所以他讓孫承宗復任遼東督師，把遼東上下理順。
得到兵部尚書袁可立認同后，朱由檢當即下令，把孫承宗起復為中極殿大學士，加銜南京兵部尚書，督理遼東、天津、登萊各處事務。
沒有聽到薊遼二字，又想到薊遼總督已被撤銷，改為長城督師代替，袁可立道：
“遼東西側的草原部落臨近遼東，關系遼東防務。”
“遼東督師一職，不能沒有處置草原部落的權力。”
朱由檢考慮之后，說道：
“草原上的事以長城督師為主，注重招撫制約。”
“但是永平府一段長城和北方草原，由長城護軍使專理，同時受長城督師和遼東督師指揮。”
“若是兩位督師命令有矛盾之處，長城護軍使協調。事情緊急就自行決斷，事情不急就上奏朝廷。”
這樣就理順了兩位督師防區，解決了協調不暢的問題。雖然長城護軍使要受兩位督師的夾板氣，卻好過以前遼東督師和薊遼總督或薊遼督師權責不明，經常產生矛盾。
解決了兩位督師的矛盾后，對于第三位督師，朱由檢直接調回，不再繼續設置：
“御馬監掌印、督師遼東太監劉應坤，曾經依附魏逆。”
“念在以往功勞從輕發落，降為御馬監丞，讓其回京述職。”
“督師遼東太監和鎮守遼東太監撤銷，鎮守山海太監由高起潛接任。讓他配合遼東督師，做好山海關防御。”
“鎮守太監的職責就是輔佐將領鎮守關隘，監督軍中錢糧發放。其它事情只有監督職責，上奏給朕處理。”
確定了遼東督師在遼東的主導權，朱由檢明確說道：
“山海關外的事情，由遼東督師自專。”
“遼東巡撫不設，以遼東提督駐寧錦前線，負責前線戰事。”
“再設遼東護軍使一員，駐山海關負責后勤，和長城護軍使協調長城防御。”
“遼東的事情，以遼東督師、遼東提督、遼東護軍使為主，三人賜尚方劍節制諸將，其余人的尚方劍收回。”
“不能再有三督師、四大將，各個都賜尚方劍。”
(本章完)</p>