原來，這里曾是開采飛行石原料的地方，但提煉飛行石的技術，傳說只有拉普達人才掌握著。
二人剛出礦井，就被軍隊的人抓住。
希達被帶往要塞，在那里，一個叫穆斯卡的人給希達看一個巨大的機器人，說它是從天空之城掉下來的，憑我們地面現在的科技無法令它再啟動。
當天晚上，希達念起祖輩所流傳的尋求幫助的咒語，飛行石發出光茫，令機器人再次活過來。
活過來的長臂機器人為了保護希達，將整個堡壘變成火的海洋。
巴斯趁亂和海盜達成聯盟，飛入要塞救出希達。
匆忙中，希達丟失了飛行石。
而穆斯卡得到了寶石，命軍隊按照寶石上圣光的指引，飛向天空之城。
另一方，海盜媽媽朵拉從希達的記述中算出了天空之城的方位，帶著希達二人乘海盜飛艇全速前進。
即將到達之時，忽然前方出現龍卷風，他們和穆斯卡的艦艇又狹路相逢。
交戰中，巴斯和希達的滑翔機被卷入龍卷風里。
這里是被上帝拋棄的領域，自然的恐怖與眾神的憤怒在這里集結。
飛越濃重的黑暗，在縱橫飛嘯的電光中，穿過閃電的回廊，突破生與死的界限，命運之門再次敞開在少年的面前……
龍卷風的中心，正是傳說中的飛島“天空之城拉普達”。
那兒是寂靜的天堂，長滿植物和遠古生物的家園，機器人默默守護著這個空中之城。
它外觀為多層次圓形架構，最上層為溫室花園和居住區以及天臺，中間層為王宮部和城市街道，最下層為黑色不明石頭所構成的半球體，內部為拉普達中樞和只有王家才得以進入的拉普達圣城。
中樞部有著超巨大正八角型飛行石作為全城的動力和漂浮來源，并設置有用同樣用黑色石頭做成的控制臺，用以進行各種操作，所有的石板操作都要使用希達身上配戴的飛行石來進行觸碰感應。
拉普達本身也具備戰略攻擊能力，攻擊方式是利用黑色半球體最下方的七座石柱集中能源向正下方射擊，其威力等同現今的小型核子兵器，此外中樞部還收納相當多的機器人兵以用來進行區域壓制任務。
正在希達和巴斯跟著機器人參觀拉普達之時，抓住了海盜們的穆斯卡，也來了。
帶領著軍隊，穆斯卡抓住了希達，并迫使她跟自己一起進入中央控制室，啟動黑石碑上的文字，即將開始他稱霸世界的野心。
一場爭斗，希達搶回飛行石。
最后，為了阻止穆斯卡的野心，她念起毀滅一切的咒語。
拉普達解體，邪惡和助紂為虐的武器系統一同化為大氣層的火球，墜入海中。
而使拉普達漂在空中的巨大飛行石結晶，載著拉普達的生命之樹，上升到天空的盡頭。
故事講完，平香流櫻發呆。
三三口中的蔚藍的天空和濃濃的白云，將緊張激烈的尖銳沖突淡化得耐人尋味。
平香流櫻沒看到這部影片，不然她會發現，故事里的人物并不是單純地依靠臺詞，而是靠人物的每一個具體細微的動作，使人物的性格更顯深刻。
純潔善良簡單勇敢的小孩，用他們的眼睛看世界，往往能折射出最真摯透徹的人性。
平香流櫻幻想著，那片天空有一座城市，漂浮在月光云海里。
它承載著人們內心的美好和想象，永遠驕傲地漂浮在天空中，寧愿自我毀滅，也不降落，干預人間一切。
或許，那里還有某個人在給自己無形的祝福，在等待著自己。
平香流櫻想著，是三三嗎？
他這個故事寓意好像很深啊。
平香流櫻捋了捋。
對軍隊與海盜而言，天空之城意味著金銀財寶。