閏四月上旬，齊軍前鋒進至東流縣，奉惠登相之命鎮守東流的明將尤高棄城而逃。
五月一日，孔有德、尚可喜突襲叛軍老巢，贛南門戶臨川，守軍拼死頑抗，城中百姓同仇敵愾，孔尚進展緩慢，雙方如菜雞互啄，也陷入拉鋸戰。
不過消息傳到贛南前線，明軍震恐，因為他們的家眷都在臨川。
一時之間，明軍軍心動搖，惠登相不得不下令全軍撤退，回援臨川。
胡有升獲知消息，開城尾隨追擊，明軍急于撤退，一路損失軍馬輜重無數，倉皇撤回臨川，向孔有德尚可喜發起猛攻。
五月十九日，惠登相主力至臨川城郊，擊敗孔有德部，迅速入城，明軍緊急加固城防，準備長期固守。
齊軍三路大軍共計四萬人馬，完成了對臨川府城的第二次包圍。
鄧長雄指揮三路人馬，先掃除外圍，切斷府城同其他州縣的聯系。
尚可喜招募數萬百姓，在東起王家渡，西至雞籠山一帶挖濠溝，筑土城。
與此同時，孔有德在贛江文家坊至楊子洲段架設浮橋三座。
百姓參與挖壕架橋者，每人每天可得五十文錢，兩頓米飯，無酒有肉。
明史記載“重賞之下，江右各地刁民，爭相從賊圍城，臨川遂不支”
六月初，挖壕架橋工程基本完畢。
馬進忠在蒲子塘駐營，筑高臺于永和門東二里。臺高十余丈。可以將城內詳情一覽無余。
惠民門外則有圍濠缺口十余丈，臨川平民可以自由出入，用以進一步瓦解守軍士氣。
臨川城中，明軍早已軍心潰散，吳尊周等將領以求援為借口，紛紛出城投降齊軍。
到七月初，城中剩余明軍，連同江西、江南，湖南各地聚攏而來的明國遺老，齊軍叛逆，三寸金蓮教信徒，白蓮教眾，福建海賊余孽各路牛鬼蛇神共計八萬余人坐守孤城，困獸猶斗，準備與城外齊軍做最后一搏。
七月十日，齊軍于城外架炮千門，“晝夜攻打，幾破兩門”。
明軍將江西各地精良火器集中于臨川，死戰不退，攻城頗為艱難。
七月十二日，惠登相披堅執銳，親自出城襲擊攻城最賣力的尚可喜部，一戰擊殺尚總兵，大敗齊軍，斬殺各部兵馬一千余。
坐鎮南昌的鄧長雄聞之大怒，命令三路大軍限期攻克臨川城。
見攻城無果，齊軍決定長期圍城。
臨川物資儲備充足，但也架不住被長期圍困，一個月后，便快出現糧荒。
城中米價漲到十兩銀子一石，接著是一百兩。
城中禽畜、老鼠，草根，樹葉，樹皮陸續被守軍吃完，接著開始人吃人。
男人被稱為“雄鴨”；女人被稱為“伏雞”；帶刀者被稱為“有毛”；無刀者被稱為“無毛”；一旦碰到“伏雞”和“無毛”的人，人們便會群起而食之。
惠民門外缺口每天都有臨川平民逃走，這些想要逃離這座地獄的人，大都被守軍用弓箭火銃殺死。
至廣德元年十月十八日，齊軍運來大批攻城野戰炮，神火飛鴉，水師派來增援的兩艘主力艦駛入河道，準備用巨型艦炮，猛烈炮擊。
十九日，萬炮齊響，“聲聞百余里，山谷皆震”。