軍機處的設立，最初只是作為內閣的一個分支機構存在，且由朝臣輪流兼任，并無定員，雖然其繞過內閣，直接由皇帝決議軍國大事，引起了朝臣的警惕，但初時只涉及民變及邊關兵事，且確實提高了效率，故沒有引起朝臣們的足夠重視。
但隨著崇禎三年皇太極寇關之戰結束后，朝臣們這才發現，皇帝已將錦衣衛并入軍機處，作為軍機處情報機構，使得軍機處職權大增，不知不覺完成了君權的加強，內閣的作用，已被無限削弱。
得益于這兩年孫承宗穩扎穩打，構建寧錦防線，再加上何邪的先知先覺和火器的大量推廣，崇禎三年這場戰斗，并沒有被皇太極避開寧遠、錦州突入關內，遼東諸將拒敵于關外，一場持續三個月的大戰，使得野豬皮傷亡慘重，最終一無所獲，退回沈陽。
皇太極深以為恥，誓報此仇。
而明軍軍紀渙散，戰斗力差已是積重難返之事，這一戰，明軍同樣損失慘重，傷亡人數甚至和野豬皮不相上下。
但這一戰最終還是大明取得了勝利，且獲得的好處，是顯而易見的。
首先，陜西彈壓民變正如火如荼，連年饑荒，朝廷缺銀缺糧，即使皇帝一再免除陜西、山東等災區的賦稅，并撥糧賑災，且甘薯也解決了一小部分燃眉之急，但天災**，依然無法避免。
在這樣雙線作戰的情況下，遼東之戰能取得這樣的成果，已是殊為不易，極為難得了。
其次，經此一戰，野豬皮實力大損，短期內是無力再次發動戰爭了，孫承宗可以繼續推動他的戰略，穩扎穩打練兵修路，開辟京東屯田。
而值此全球性的小冰河災變時期，野豬皮想要生存下去，唯一的路就是往朝鮮打，往蒙古打，去獲取生存物資。
大明朝沒時間修生養息，也沒那個條件，但趁著這段寶貴的和平時期，可以平定內亂，徹底穩定國內局勢。
最后，經此一戰，軍機處的地位徹底被凸現出來，君權得到了進一步的加強和集中，錦衣衛在此一戰表現活躍，把情報網絡鋪到了關外。而且皇帝趁此戰提拔了一些人才，進入了軍機處，如史可法、劉肇基等人。
崇禎三年一月，帝冊封皇子朱慈恒為太子，以戒嚴免升殿，百官聽宣敕于午門，行十二拜禮。
四月，帝不滿陜西焦灼戰局，增兵陜西，于陜北將賊眾合圍，一戰而徹底平定陜西，張獻忠兵敗被殺，李自成不知所蹤。
陜西平定后，皇帝修建水運，調南方錢糧，定北方天災。
自此后五年，大明進入漫長的“崇禎新政”改革時期。
帝改革稅收制度，重啟商稅，改東廠為大明稅務局，魏忠賢為首任稅務總督。
這一舉措效果很明顯，東廠番子、錦衣衛和地方官員，形成了一個相互監督、相互制約的局面，雖然東廠動則抄家的狠辣手段遭到百官如潮彈劾，但僅僅崇禎四年一年的稅收，就足足頂的上過去三年的總和。
于是，無論是內閣還是六部官員都閉嘴了。
改革的過程自不是一帆風順的，這期間，皇帝也失敗過，例如開海禁一事，由于沿海富商和官員的阻撓，不得不被迫放棄；又如東廠收稅期間欺壓百姓，魚肉鄉里，激起民變，一度使得稅收工作停滯，甚至皇帝不得不暫時罷黜魏忠賢，于次年才復啟。
好消息是，大明有錢了，商稅征收已成定局，且甘陜山東一帶的饑荒由于甘薯的大量普及，得到了有效緩解。
另，皇帝練新軍五萬，以史可法為帥，以徐光啟為新軍教官，駐守京師。
大明朝就這樣磕磕絆絆走過了五年，這五年，各地災禍依然頻發，時不時有饑民暴動，但相比起原歷史，已經好了太多太多。
崇禎六年，帝納周氏姐妹為妃，同年，丁皇后誕下公主，賜號長平。次年，周氏姐妹誕下一子一女。
崇禎九年，魏忠賢病逝，皇帝追封其為忠國公，謚號“忠義”。王崇恩繼任大明稅務總督職位。
同年，裴綸升任錦衣衛指揮使，南鎮撫司改組監察院，監察廠衛法紀，沈煉為第一人檢察院都指揮史。
十月，毛文龍率部下耿忠明叛明降清，帝大怒，召滿朝文武廷議攻打金人事宜，百官紛紛反對，帝無奈作罷。
十一月，叛將毛文龍自朝鮮海路攻入關內，以尚可喜為內應，攻陷登州，虎視萊州；而皇太極又親自統領八旗軍十萬，避開寧遠、錦州，分兵三路從龍井關、洪山口、大安口突入關內，攻占遵化，京師告急，大明烽煙再起！
帝震怒，下決心要把皇太極留在關內。
帝以京城為餌，豎壁清野，誘敵深入，令遼東、宣府、及冀州三處呈合圍之勢，斷八旗軍后路，又以新軍統領京城防護。
萊登方面，帝命孫傳庭入山東，又派韓曠、盧劍星前往朝鮮行合縱之事，令盧象升出陜入魯，和孫傳庭兵合一處。