葡萄牙人在損失了1艘船后，將每艘船上的葡人集合在3艘船上，拼死突圍出去。
最后利用風暴，突破了明朝水師封鎖，安然撤回馬六甲。
由于沒有能夠圍殲葡萄牙人，明朝地方官火冒三丈。
碰巧皮雷斯等人也被押解廣州，結果他的隨從有的被砍頭，有的在牢里死于酷刑，有的則在牢里餓死。
第一位駐中國大使帶給中國皇帝的禮品也被地方官們瓜分。
葡萄牙人畢竟不是英國人，打仗不是他們的根本目的，因此屯門海戰后不久，1523年，一支由5艘槳帆船和1艘中國式帆船組成的葡萄牙船隊在末兒丁的指揮下開到廣州，意在與明朝政府重新交涉，并詢問前大使皮雷斯的下落。
在遭到廣州地方官的拒絕后，船隊經過屯門，一路開到西草灣。
這一次，明朝是有備而來。
早就嚴陣以待的96艘明朝戰船一路上不停的尾隨與挑釁。
葡萄牙人以外交任務為重，一路上并沒有還手。
直到夜里，明朝水師以火船為先鋒，對葡人的船隊進行突襲。
雙方才爆發了西草灣之戰。
葡萄牙人在損失了2艘船后，再次突圍而去。
末兒丁等42人被殺或被俘，明朝守軍以海盜罪將俘虜悉數絞死。
西草灣之戰中，明朝繳獲了20門葡萄牙人的弗朗機火炮，并將之大量仿制。
此類型火炮從此成為了明朝軍隊中的制勝利器，替大明王朝又把守了幾十年長城。
對于葡萄牙人的火炮，明朝上下贊不絕口。
然而對于開通貿易方面，明朝依然墨守成規，毫不作為。
此后，葡萄牙官方暫時放棄了對中國沿海的官方貿易追求，轉而和福建和浙江沿海的本土海盜商人們形成合作關系。
但明朝中央朝廷又屢次以軍事手段加以打擊。
在對待貿易與涉外事務方面，明朝自身的落后與野蠻作風，也讓今天的看客們覺得唏噓不已。
但是不合時宜的強制政策終究無法永久維持。
年，葡萄牙人終于利用向廣州地方官行賄的方式，取得澳門留居權。
從此中國海疆才穩定下來。
直到十四年后的1567年，明朝終于同意在福建海澄進行外貿，史稱隆慶開海，明朝的海商們終于可以正大光明的出海進行貿易。
這是自朱元璋封關以來首次破冰行為。
明朝每年發放50張貿易通行證，讓漳泉地區的商人可以出海貿易。
隆慶開關后，明朝財政短期內形成了井噴效果。
僅1576年一年，月港的關稅收入就超過萬兩白銀。
到16世紀末的1594年，從菲律賓流入的白銀超過264000兩。