客氏與魏忠賢狼狽為奸，反擊東林黨人，一時之間，擅權弄政，廠衛橫行。
魏忠賢原名李進忠，因為好賭成性，輸了錢，憤然自宮。萬歷年間選入宮中。
他雖然目不識丁，卻善于諂媚。不但攀附上宦官魏朝，還通過魏朝，拜入大太監王安的門下。
王安因為擁立天啟帝有功，一時間在宮中權柄極大。
同時，魏忠賢結交客氏，二人對食。
客氏喜愛魏忠賢，厭倦舊相好魏朝。
魏忠賢趁機打敗魏朝，進而陰謀害死王安，成為宮中權力最大的太監。
朱由校即位后，令東林黨人主掌內閣、都察院及六部，東林黨勢力較大，眾正盈朝。
楊漣、左光斗、**星、高攀龍、孫承宗、袁可立等許多正直之士在朝中擔任重要職務，方從哲等奸臣已逐漸被排擠出去，吏制稍顯清明。
天啟元年三月，努爾哈赤率軍攻陷了沈陽，明總兵尤世功、賀世賢都戰死。
總兵官陳策、童仲揆、戚金、張名世前去援助遼東戰事，和后金軍在渾河大戰，但全軍覆沒。
之后，努爾哈赤攻取了明朝遼東重鎮遼陽，經略袁應泰自殺。
努爾哈赤攻取遼陽之后，明熹宗再次啟用熊廷弼，任兵部尚書兼右副都御史，經略遼東。八月，升任參將毛文龍為副總兵，命他排派兵守鎮江。
天啟二年正月，后金軍攻取西平堡，明副將羅一貴戰死。鎮武營總兵官劉渠、祁秉忠在平陽橋與后金軍大戰但是最后戰死。王化貞與熊廷弼撤入關內。
四月，上謂彈壓登萊非公不可，以袁可立為右僉都御史巡撫登萊贊理軍務。
八月，熹宗封皇五弟朱由檢為信王。
同時朱由校還下詔為張居正平反，錄方孝孺遺嗣，優恤元勛，給予祭葬及謚號。
天啟三年，魏忠賢執掌東廠，用閹黨的勢力制衡風頭正盛的東林黨。
朱由校還喜歡自己動手做些木工，終年不倦。
每每當皇帝做木工活的時候，魏忠賢就奏事。
天啟帝厭煩，不肯聽下去，推說自己已經都清楚了，你們看著辦就行。
于是魏忠賢借機多次矯詔擅權，排擠東林黨人，東廠番子橫行不法，奸佞當道。
朱由校的確是個非常杰出的木工，可惜錯生帝王家。
朱由校一生醉心于木工活，成天在宮里面制造木器，樂此不疲。
他的手工還出奇的好，做出來的家具一點都不比一流的木匠差。
據傳，當時宮里的床十分笨重，好多人都抬不動，后來朱由校一琢磨，花了一年多的時間，設計出可折疊的、輕便的、還非常漂亮的床。