當木葉的火影選舉進行得一波三折的時候，忍界里發生了一件大事。
三大圣地之一的龍地洞，淪陷了。
數日前，大野木、羅砂等人前往龍地洞拜訪白蛇仙人，希望能達成合作，讓三大忍村的忍者能夠去龍地洞修行仙術。
結果，一行人遭到了白蛇仙人的無情拒絕，而且還被龍地洞眾蛇羞辱，甚至有隨行人員被吞掉。
大野木、羅砂和四代雷影，都是堂堂一村之影、人類世界的尊者，什么時候受過這種屈辱？
于是，不甘心的三大忍村高層聚在一起，經過密謀之后，發起了一場針對龍地洞的作戰計劃。
就在這時，從木葉傳來消息，大蛇丸早年進行人體實驗的事跡敗露，叛逃出村，被列為了S級叛忍。
恰好，大蛇丸與龍地洞簽訂了契約，是能夠自由出入那個地方的人類忍者。
所以，三大忍村立刻發動情報網，查到了大蛇丸的藏身之處，然后由三影親自出馬，把他逮捕了。
大蛇丸與龍地洞的蛇一樣，是一個冷血無情的家伙。為了保命，他毫不猶豫投靠了三大忍村，選擇背叛龍地洞。
有了大蛇丸這個內鬼的幫助，作戰計劃出乎意料的順利。
大蛇丸逃入龍地洞，假意向白蛇仙人尋求庇護，并且獻上了一百多人作為活祭品，被眾蛇吞食。
然而，那一百多人實際上是三大忍村的死士，早已提前服下劇毒，用自身作為誘餌，重創了龍地洞的眾蛇。
之后，埋伏在外的三大忍村聯軍，一舉攻入龍地洞，把眾蛇的巢穴連根拔起，斬盡所有蛇類，血流成河。
在這場大戰中，白蛇仙人重傷逃跑，不知所蹤。
大蛇丸的通靈獸“萬蛇”，是蛇族唯一的幸存者。它與大蛇丸一樣，背叛了自己的同胞，投靠了人類。
戰爭結束后，三影發表聯合講話，聲稱這是一場“偉大的勝利。”
在講話中，三影說：三大圣地這樣的地方，自然能量濃郁，是絕佳的修煉之地，本就該屬于人類，屬于忍界的忍者。
然而一千多年來，它們卻被蛤蟆、蛇和蛞蝓這樣的動物占據。這些低賤的生靈吸收了自然能量，搖身一變成了仙人，騎在忍界眾生頭上作威作福。
今天，就是撥亂反正的時刻。
之后，三大忍村投入大量資源，全力研究龍地洞的自然能量，開發各種仙術修煉體系。
而大蛇丸，由于對龍地洞十分熟悉，且對仙術頗有研究，于是再次華麗轉身，從被通緝的木葉叛忍，變成了三大忍村首席科學家。
他發誓要對木葉展開報復。
而他的武器，就是名為“咒印”的仙術體系。
忍界，再次風起云涌。
海外，蓬萊國。
不管忍界亂成什么樣，蓬萊忍村一如既往的安寧而和諧，充滿了歡聲笑語，仿佛世外桃源。
山頂別墅。
羽彥的真實分身站在樓頂，仰頭望著無盡蒼穹。
這段時間里，他一直接收著從本體傳回來的記憶，無論兩者間隔多遠，都能實時產生心靈感應，速度遠超光速。
這是因為，他的靈魂分成了兩半，一半在本體那邊，一半留在了真實分身體內。
這種感覺，讓羽彥想起了“量子糾纏”之類的理論，他雖然不懂其中原理，但能夠本能地運用這種能力就夠了，就像吃飯喝水一樣自然。
“圣所修建成功了么？”
羽彥喃喃道。