雨隱村。
這是一個終年下雨的村子，建筑都以鋼鐵為主，就像是一座座高塔，林立在大地上。在雨水匯聚的地面，布滿了許多大型的管道和下水道，形成了一道獨特的風景線。
不久前的雨隱村，發生了一件大事，但卻極少有人知曉，那就是：
木葉忍者自來也潛入村子，想要刺探情報，結果被雨隱村統治者、曉組織首領長門，操縱著名為佩恩六道的傀儡殺死。
不過，自來也在臨死之前，將用自己生命換來的佩恩六道的情報，以秘文的形式刻在了深作仙人的背上，讓它送回了木葉。
在那之后，曉組織打算趁著木葉尚未來得及破譯佩恩的秘密，大舉攻入木葉村，捉拿九尾人柱力。
但是，在進攻木葉之前，曉組織在偵查敵情的過程中，卻意外得到了一份機密的木葉情報。
根據那份機密情報的內容，佩恩六道傾巢出動，前往樓蘭遺址，取得了龍脈。
之后，曉組織的首領長門、小南以及成員“阿飛”，利用龍脈之力，共同穿越到了另外一個平行世界。
沒有人知道他們在那里經歷了什么。
三人很快就結束了這次穿越之旅，回到雨隱村的高塔內，閉門不出，像是蟄伏了起來。
原本預定進攻木葉的計劃，也就這么中途夭折了。
雨隱村，最高的一座高塔內。
一間空曠的大殿里，橫放著六個一人多高的營養艙，每個艙體都連接著數根管道，源源不斷地往其中輸入營養液。
艙內，是長門使用從全忍界各地收集來的忍者尸體，制作的佩恩六道。
只不過，除了天道以外，其它的佩恩都是重新制作的，因為它們的上一代都隕落在那個平行世界了。
那個可怕的世界。
長門坐在輪椅上，默默注視著這些營養艙，神色恍惚，似乎又陷入了那段噩夢般的回憶。
這時，隨著紙張飛舞的“嘩啦”聲，一個倩影從門外飄了進來。
“長門，我查過所有的資料和情報了，霧隱村以及水之國境內，歷史上從未有過名為龜仙人的忍者。”
小南皺著眉頭，一臉困惑地向長門匯報了這個消息。
“不用浪費時間去查了，小南。我猜測，龜仙人只是一種偽裝，就像是我的佩恩六道一樣，對方的真實身份，我們也許永遠都不會知道了。”
長門嘆了一口氣，感慨道。
“真是太奇怪了。既然是平行世界，按理說應該和這邊差不多，可為什么那里的忍者要強得多……”
小南喃喃自語了幾句，隨后又一臉擔憂地向長門問道：
“你說，那個龜仙人收走了龍脈，以后會不會穿越時空，來到我們這個世界？”
“這也正是我擔憂的。不是有可能，而是可能性非常大。”
長門一臉凝重，隨后目光堅定地說道，“所以，我們必須要重新行動起來，繼續收集所有尾獸，制造出無與倫比的終極兵器。只有掌握那股力量，我們才能實現彌彥的遺愿，震懾各國，讓和平永久降臨。”
話音剛落。
隨著長門結了一個印，六個營養艙的艙門齊齊打開，新的佩恩六道蘇醒，在大殿里站成了一排。
佩恩六道，以神之名。
雖然在平行世界唯唯諾諾、屢屢吃癟，但是回到了老家，長門還是有信心重拳出擊，暴打木葉以及各大忍村的。
忍界，即將掀起一陣前所未有的腥風血雨。