身受玄冥神掌之毒的張無忌不能練習武功，靠張三豐每日用真氣抑制毒性才得以活下來。以宋青書為首的武當弟子經常欺負張無忌，而張無忌一直隱忍不發。
周芷若來到武當山，配合宋青書構陷張無忌，張無忌和小昭一同被逼掉下懸崖，然后遇到了火工頭陀，治好了體內的寒毒并學會了九層九陽神功。
張無忌功成出山，恰逢六大派圍攻光明頂，在小昭的幫助下，張無忌練成了明教鎮教神功《乾坤大挪移》，橫空出世，擊退六大派，成為了明教新任教主。
此時趙敏也開始肆虐江湖，捉了六大派不少人，并且暗算了明教一行，在張無忌找趙敏要解藥的時候，趙敏故意透露給了滅絕師太消息，峨眉弟子包圍了明教教眾，準備將明教一網打盡。
劇情到這里發生了改變。
原版《倚天屠龍記之魔教教主》中，此時是小昭挺身而出，受了滅絕三掌，為明教眾人爭取了時間，等到了張無忌回援。
但岳關改編后的劇本，把功勞給了周芷若。
在滅絕準備對明教一行人痛下殺手的時候，周芷若點中了滅絕的穴道，當場反水，帶領峨眉弟子站在了明教這邊。
她早已經暗中架空了滅絕，掌控了峨眉。
滅絕驚怒交加，質問周芷若，然后周芷若開始回憶自己和張無忌的過往：
原來周芷若和張無忌幼年便已經相識，早已經暗生情愫。去到武當后，兩人久別重逢，張無忌主動拜托周芷若配合宋青書針對自己，因為他之前從張三豐那里得知山崖下有火工頭陀的存在，而火工頭陀修煉的《九陽神功》是唯一可以解他玄冥神掌之毒的功法。
周芷若勸張無忌不要冒險，但張無忌身負血海深仇，又常年被以宋青書為首的武當弟子欺負，早就已經受夠了這種日子。他決定賭一把，不成功便成仁。
張無忌堅持，周芷若便配合張無忌演了一出戲，從此張無忌潛龍出淵。
之前在光明頂上，她在眾目睽睽之下故意擊傷張無忌，也是兩人的默契。張無忌橫空出世，打敗六大派高手后，聲望已經達到了頂峰。而她若是能傷到張無忌，在正道武林的地位也肯定會水漲船高。
張無忌在明教，周芷若在正道，一正一邪，雙方聯手，便可制霸整個武林。
現在明教有難，她自然要挺身而出。
《倚天屠龍記》前三分之一的劇情，是小昭的主場，一直陪在張無忌身邊，幫助他從一個手無縛雞之力的少年成長為武功蓋世的明教教主。
中期是周芷若的秀場，反水和回憶的劇情一出，周芷若當場洗白，而且瞬間贏得明教全體上下的認同，成為明教上下默認的教主夫人。
而后期是趙敏的秀場，縱橫江湖，運籌帷幄，將六大派大半精銳都捉去大都，盡顯女諸葛的風采。
但是最終的謝幕，屬于張無忌，屬于明教。
趙敏將六大派的人捉去了大都，明教和六大派本有血海深仇，但為反元大義，張無忌和明教全體上下依舊決定不惜一切代價相救六大派。
單憑明教一教之力，難以撼動元朝近百年基業。欲圖大業，必然要聯合天下英雄豪杰，群策群力，大功方成。
張無忌至此從一個一心復仇的少年變成了一個胸懷天下的霸主。
《倚天屠龍記之魔教教主》的結尾，不再是趙敏的那一句“我在大都等你”，而是變成張無忌與明教諸人歃血為盟，焚香為誓，決死不負大義。
在“憐我世人，憂患實多！憐我世人，憂患實多”的歌聲中，明教群豪白衣如雪，一個個走到張無忌面前，躬身行禮，昂首而出，再不回顧。
如許大好男兒，此后一二十年之中，行將鮮血灑遍中原大地。
易水蕭蕭西風冷，滿座衣冠似雪。正壯士、悲歌未徹。
明教至此，極顯豪情，方不愧“去惡行善憂國憂民”。
而魔教教主至此，也完成了格局的升華，從魔教教主，走向天下至尊。
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