回到西州，李在古獲悉龍栗婆準被送至龜茲不久，便被龜茲國王下令處死。
李在古認為龜茲國王之所以下令處死龍栗婆準，是報復自己殲滅他派出的援軍之仇。
不管怎么說，李在古都認為龍栗婆準的死與自己有關，怒不可遏，真想直接率軍滅了龜茲。
可是，皇命難違，他必須趕回長安。
數日之后，李在古風餐露宿，趕回到長安。
回到長安，他才知道李二已經到達洛陽，準備隨軍出征高句麗。
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李二出征之前，命令刑部尚書張亮為平壤道行軍大總管，領兵四萬多將士，戰艦五百余艘，自萊州渡海直指平壤。
同時，命令太子詹事兼左衛率李勣為遼東道行軍大總管，領步騎六萬及蘭州、河州等胡族兵馬直奔遼東，再與張亮合勢，水陸并進。
此時，各路兵馬已經云集幽州。
比李在古提前回來的郭孝恪知道李二去了洛陽，便將龍突騎支及其家人押送至洛陽，聽候發落。
李二既然不在長安，李在古唯有向留在長安監國的太子李治復命。
李治知道李在古回到長安，親自到城門迎接。
李治執著李在古的手，將其領到東宮。
李治對李在古表現出的恭敬，令到很多臣民側目。
因為很多人不知道，李治之所以能夠被立為太子，李在古幫了不少忙。
李治深深知道，若沒有李在古幫忙，自己恐怕不能坐上太子之位。即使最后能夠坐上太子之位，也不可能如此容易。
因此，李治當李在古是自己人。
盡管李在古不想依附哪一派系，但很多人都已經將他當成了太子的一派。
來到東宮，李治拿出一道敕旨交給李在古。
這道敕旨是李二離開長安之前給李治，讓他交給李在古的。
敕旨的內容，說的是要李在古留守長安，協助太子李治監國。
這說明，李二對李在古還是特別信任的。
有李在古這樣的人協助李治監國，李二才能沒有后顧之憂，放心征討高句麗。
由于這次李在古討伐焉耆過于容易，李二沒有對李在古進行封賞，只是給了口頭贊賞。
其實，主要還是李二一時之間不知道該給李在古封什么樣的官職。
以李在古如今的戰功，再往上加封，便超過了李二當年的戰功。
李二暫時不對李在古加封，也可以說是為了保護他。
功高蓋主，即使皇帝沒有芥蒂，朝臣也會找借口針對。
李在古接受旨意，留守長安，協助李治穩定長安，免了李二的后顧之憂。
一個月后，李二從洛陽出發東征。
他先到達定州，然后親佩弓矢，與長孫無忌等人直奔幽州。
同時，李二命令李勣軍發柳城，作勢劍指懷遠鎮，暗地里命令李勣潛師北進。
李勣聽從李二吩咐，率軍出其不意地從通定渡過遼水，進至玄菟，高句麗守軍大驚，所有城池皆閉門自守，不敢貿然出兵迎戰。
幾乎同一時間里，遼東道副大總管江夏王李道宗領兵進逼新城，城中的高句麗守軍驚恐萬分，同樣不敢出戰。