1641年荷蘭商館也遷移至出島，江戶政府的鎖國的措施至此已經完成，在之后的近兩百年間，長崎成為日本唯一的國際貿易港。
1636年葡萄牙人被禁止至日本貿易，因此只剩下中國及荷蘭商船得以在長崎從事貿易。
由于來自中國的商船數量逐漸增加，在1688年有多達194艘船只在中國，因此在長崎另建立了唐人屋敷專供中國人居住。
直到1803年開始，陸續有來自美國、俄羅斯、英國等國家的船只進入長崎要求通商。
新歷六年（1639）第一艦隊百余艘戰船，護送三十余艘大福船前往長崎港。
這么一支龐大的艦隊出現在東海上，海盜們遠遠看見就先跑路了。
一路上風平浪靜，并沒有什么不開眼的海盜前來，斯內克很輕易的就帶著第一艦隊出現在長崎海域外。
這支艦隊的出現讓長崎一片混亂，畢竟這些戰艦十分龐大，東瀛的戰船實在是太小個了。
坐鎮長崎的是幕府派來的上使，井上筑后守政重，他是筑后國的大名。
筑后國：東瀛古代的令制國之一，屬西海道，又稱筑州。筑后國的領域大約為福岡縣的南部。
石高約26.6萬石（慶長時期）。古代筑紫國之一部，文武天皇二年（698年）把筑紫國一分為二（筑前國、筑后國）后，獨立成為一國。
明治四年廢藩置縣后分置久留米、柳川、三池三縣，曾改名三潴縣，同九年并入福岡縣。
戰國時代，大友氏領有了筑后守護職，掌握了該國統治權。筑前、筑后和豐后作為九州對外貿易的中心，大友氏和大內氏兩家常年摩擦不斷。
隨著大內氏的最終衰落和滅亡，大友氏的權力也達到了頂峰，就任了九州六國守護及九州探題。
而肥前的龍造寺隆信也慢慢擴大勢力，逐漸滲透至柳川一帶。并聯合毛利氏，擴充地盤。
在今山合戰擊敗大友家后，入侵到了肥后、筑后及豐前北部。大有與大友家抗衡的態勢。
毛利及后來的島津氏不斷與大友家對抗，大友家的支配權力進一步萎縮。
在耳川合戰后，大友家便不再具備與島津家對抗的實力，并于1586年投靠于豐臣秀吉傘下。
之后秀吉開始九州征伐，戰后進行國土分配。筑后分別被小早川隆景、小早川秀包、立花宗茂、高橋統增和筑紫廣門五人領有。
但關原合戰時筑后諸大名加入了西軍，于戰后遭到改易，因捕獲石田三成有功的田中吉政獲封了柳川32萬石。
1620年田中氏斷絕，筑后被分成了有馬豐氏的久留米藩21萬石和立花宗茂的柳川藩11萬石。
而長崎還有奉行大河內正勝，他也是由幕府直接任命的，畢竟長崎是幕府的直轄地。
不明艦隊的出現，讓井上政重和大河內正勝大為驚慌。
大河內正勝當即就呼喝手下集結軍隊，調集船只。
而井上政重卻說道：“正勝，先別沖動！”
大河內正勝連忙頓首道：“筑后守殿下，在下也是擔憂，外面的那支艦隊來的方向是明國啊。”
井上政重臉色變得沉重，道：“我知道，但是與明國的戰事已經過了四十多年了，明國不可能這個時候來打我們。